基本原理大致相同,都是将室内空气经粗过滤器初滤,由离心风机压入静压箱,再经过空气过滤器精滤,由此送出的洁净气流从一定的均匀的断面风速通过无菌区,从而形成无尘无菌的高洁净度工作环境.但两种净化台的气流方向不同,侧流式工作台空气净化后的气流从左或右侧通过工作台面流向对侧,也有从上向下或从下乡上流向对侧,都能形成气流屏障保持工作区无菌.但在净化气流和外边气体交界处可因气流的流动出现负压,使少许未净化空气混入,有发生污染的可能.测流式净化台结构较为封闭,一般仅留两个手臂伸入的圆洞,操作和拿取较大物品不够方便。
外流式（水平式）是使净化后的空气面向操作者流动,因而外方气流不致混入操作区,但如进行有害物质实验操作则对操作者不利.水平式净化工作台工作多为开放时,没有防护挡板,虽然操作和拿取物品较为方便,但可能受外界气流的影响而引起不接空气混入。
净化工作台是较为精密的仪器,如果使用和维护得当,可以取得良好的效果并可延长使用寿命。
超净工作台主要是用过滤器来净化空气的，其过滤器是用一定的使用寿命的，需要定期更换。如果本身工作台处于较干净的环境中，如GMP车间内，那更换频率较低；如果只是普通实验室，应2年换一次过滤器，以保证其效果。
超净台使用寿命的长短与空气的洁净度有关。在温带地区超净台可在一般实验室使用，然而在热带或亚热带地区，由大气中含有大量的花粉，或多粉尘的地区，超净台则宜放在较好的有双道门的室内使用。任何情下不应将超净台的进风罩对着开敞的门或窗，以免影响滤清器的使用寿命。
